Setelah selesai belajar di Pesantren Nurul Haq, beliau melanjutkan pendidikannya dengan belajar kepada KH. Ali Rochmat di Wedung, Demak, Jawa Tengah.
Pada tahun 1994 masuk Pesulukan Thariqah Agung (PETA), Kauman, Tulungagung di bawah asuhan KH. Abdul Jalil Mustaqiim dan KH. Abdul Ghofur Mustaqiim.
Kecemerlangan Agus Sunyoto di dunia sastra dalam hal sejarah semakin memeperlihatkan kesungguhannya. Hal tersebut dibuktikan setelah buku karangan beliau yang berjudul “Atlas Wali Songo” menjadi buku non fiksi terbaik 2014.
KARIER
Pengalaman kerja diawali sebagai kolumnis sejak 1984. Tahun 1986- 1989 menjadi wartawan Jawa Pos. Setelah keluar dan menjadi wartawan free-lance, sering menulis novel dan artikel di Jawa Pos, Surabaya Post, Surya, Republika, dan Merdeka. Sejak tahun 1990-an mulai aktif di LSM serta melakukan penelitian sosial dan sejarah. Hasil penelitian ditulis dalam bentuk laporan ilmiah atau dituangkan dalam bentuk novel.
Saat ini KH Agus Sunyoto menjabat sebagai Ketua Lembaga Seni Budaya Muslimin Indonesia Nahdatul Ulama (Lesbumi NU), kelihaian, ketelatenan serta ketajamannya dalam menguak sejarah kemudian meramunya menjadi cerita yang sangat menarik, sebagaimana yang tertuang dalam bukunya perjalanan rohani “Suluk Abdul Jalil edisi 1-7, sastra Jendra Hayuningrat Pangruwatin Diyu, Rahuvana Tattwa dan Atlas Wali Songo” menjadi acuan kuat dalam menelusuri perjalanan rohani secara pribadi.
Dalam penulisan buku tersebut tidaklah serta merta sekadar pengolahan kata-kata namun memerlukan tingkatan khusus, dalam bahasa Arab dikenal dengan maqam dalam hal mengolah cerita, sehingga penjiwaan ceritanya sangatlah nyata.
KARYA-KARYA
Kecintaannya terhadap dunia tulisan, membuat KH. Agus Sunyoto., M.Pd telah menghasilkan beberapa karya tulis di antaranya:
Sumo Bawuk (Jawa Pos, 1987), Sunan Ampel: Taktik dan Strategy Dakwah Islam di Jawa (LPLI Sunan Ampel, 1990), Penelitian Kualitatif dalam Ilmu Sosial dan Keagamaan (Kalimasahada, 1994), Banser Berjihad Melawan PKI (LKP GP Ansor Jatim, 1995), Darul Arqam: Gerakan Mesianik Melayu (Kalimasahada, 1996), Wisata Sejarah Kabupaten Malang (Lingkaran Studi Kebudayaan, 1999), Pesona Wisata Sejarah Kabupaten Malang (Pemkab Malang, 2001).
Dajjal (LKiS, 2006), Rahwana Tattwa (LKiS, 2006), Suluk Abdul Jalil: Perjalanan Ruhani Syekh Siti Jenar (LKiS, 2003), Sang Pembaharu: Perjuangan dan Ajaran Syekh Siti Jenar, (LKiS, 2004), Suluk Malang Sungsang: Konflik dan Penyimpangan Ajaran Syekh Siti Jenar (LKiS, 2005), dan Dhaeng Sekara: Telik Saudi Tanah Pelik Majapahit.
KARYA-KARYA FIKSI
Banyak dipublikasikan dalam bentuk cerita bersambung, antara lain di Jawa Pos:
Anak-Anak Tuhan (1985), Orang-orang Bawah Tanah (1985), Ki Ageng Badar Wonosobo (1986), Khatra (1987), Hizbul Khofi (1987), Khatraat (1987), Gembong Kertapati (1988), Vi Daevo Datom (1988), Angela (1989), Bait Al-Jauhar (1990), Angin Perubahan (1990).
Di harian sore Surabaya Post: Sastra Hajendra Pangruwat Diyu (1989), Kabban Habbakuk (1990), Misteri di Snelius (1992), Kabut Kematian Nattayya (1994), Daeng Sekara (1994-1995), Sang Sarjana (1996), Jimat (1997).
Di Radar Kediri: Babad Janggala - Panjalu dengan episode: (1) RahuwhanaTattwa, (2) Ratu Niwatakawaca, (3) Ajisaka dan Dewata Cahangkara, (4) Titisan Darah Baruna.